在日本一条名为霞之里的宁静小村庄里那里远离人烟但却有一所女校在这里原来这所学校叫私立志能备学园是一所负责女忍者训练的精英学院是全日本甚至全世界唯一一所的女忍者训练学校而其实在霞之里生活的居民中很多都是这所学校的毕业生学院中的学生大多为被赋予高智商高天分的有极其优秀基因的试管婴儿所以都拥有极其高的天分事实上从这里毕业的忍者进入社会后都会当上保护重要人物或替国家和机构进行各种调查和探取情报的间谍工作可说是一种既刺激又好玩又有前途的职业但此学校只是女忍学校与霞之里的另一所男忍学校关系不好且不允许学生恋爱不准和男忍接触违反的人将被赶出学院rr一天有一男一女来到了这个村子男的是为了逃债而来到私立志能备学园当老师的万里小路隼人可是他并不知道这是一所忍者学校而另一个就是故事主角为了自己憧憬的女忍者生活与仰慕的忍者老师市川电藏而来的可爱女孩子日向向日葵向日葵转校的第一天遇上了新上任的万里小路隼人老师产生了一见钟情的感觉于是向日葵就把他当成了自己的真命天子r之后的两人将会怎样呢rr忍者少女ひまわりっ是