福克斯和女演员特瑞西·宝兰于1988年7月16日在佛蒙特州阿灵顿的WestMountainInn酒店结婚。这对夫妇育有四名子女，分别是SamMichael（1989年5月30日出生），双胞胎AquinnahKathleen和SchuylerFrances（1995年2月15日出生），EsméAnnabelle（2001年11月3日出生）。福克斯拥有加拿大-美国双重国籍。2010年2月28日，福克斯在温哥华冬季奥运会闭幕式上带来了一段轻松愉快的演说，表达了他作为加拿大人的自豪心情。2010年6月4日，在不列颠哥伦比亚省本拿比市，福克斯被授予城市自由勋章

福克斯在1990年拍摄电影《好莱坞医生》时已然显现出帕金森氏症的早期症状，而实际上他在转年才被确诊为患有该疾病。在被告知患了帕金森之后，他比以前喝酒凶了很多，后来他寻求心理帮助并同时停止了饮酒。1998年，他决定将病情公之于众，而后他大力倡导帕金森氏症的研究事业。他创立了迈克尔·J·福克斯基金会来推动治疗帕金森氏症的科学研究，包括胚胎干细胞研究。

福克斯的努力使他的名字被《时代》杂志列入2007年“影响世界的100位最具影响力、才华和道德榜样”。在2010年3月5日，福克斯获得瑞典卡罗琳斯卡学院授予荣誉博士学位，从而表彰他他对帕金森氏症研究事业所做的贡献。他还获得了哥伦比亚大学授予的荣誉法学博士学位。

2012年5月31日，他获得了哥伦比亚大学司法研究所授予的荣誉法学博士学位，该荣誉意在表彰他作为演员的成就，同时也包括他为帕金森氏症的研究资金的筹集和社会认知度的提升方面所做的卓越贡献。福克斯回忆了在演艺生涯之初，正是在这家研究所拍过戏，他饰演的角色在这里接受警察训练。