2000年签约华纳唱片公司，于6月9日发行首张专辑《孙燕姿同名专辑》在台湾地区出道，以《天黑黑》一曲成名，并获得第12届金曲奖最佳新人奖  ；同年12月发行第二张专辑《我要的幸福》，入围第12届台湾金曲奖最佳女演唱人奖。

　　2003年初成立个人音乐公司“Make Music”；同年8月发行第七张专辑《The Moment》，其中包括电影《向左走，向右走》的插曲《遇见》。

　　2004年携《Stefanie》专辑复出，并凭此专辑在2005年获得第16届台湾金曲奖  最佳国语女演唱人奖。2005年5月在”2005MTV日本音乐录像带大奖“中获得最佳大中华艺人奖  。

　　2006年4月凭借第九张专辑《完美的一天》获得音乐风云榜港台地区最佳女歌手、最受欢迎女歌手奖等奖项  。2008年7月凭借歌曲《逆光》获得第六届中国金唱片奖音乐录影带奖；同年8月获得“2008MTV亚洲大奖”地区最受欢迎歌手奖  。

　　2011年发行专辑《是时候》，获得第17届新加坡金曲奖最佳专辑制作人、最受欢迎女歌手在内的六个奖项  。2014年2月发行第12张专辑《克卜勒》并开展一连28场的“克卜勒”巡回演唱会  ，凭借《克卜勒》获得香港十大中文金曲颁奖礼全国最佳女歌手奖  。