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《神秘博士第5季》中，重生后的博士与小艾米莉亚·庞德相遇并承诺5分钟后返回，却迟到12年。此时艾米已长大成人，她和罗里一起成为博士的旅伴。他们穿越时空，经历古代威尼斯的吸血鬼事件，挫败哭泣天使，还与梵高相遇并帮助他打败怪物。在解决一系列危机的过程中，艾米家墙上的裂缝引发了诸多问题，博士发现所有线索都指向潘多拉魔盒。最后，在面对众多敌人时，博士打开潘多拉魔盒，甚至重启了整个宇宙。这一季有着较为完整的主线剧情，同时展现了博士与同伴间的深厚情谊以及各种奇妙的时空冒险。

经历了许多危险的旅程，在时空中与最可怕的怪物对决后，第十三任博士终于迎来了她最后的冒险，对抗她最致命的敌人: 戴立克、赛博人和她的宿敌——法师。　　是谁在一个遥远的星系边缘攻击一辆高速行驶的列车？为什么地震学家从21世纪的地球上纷纷消失？那些失踪的世界名画究竟下落何在？为什么一个戴立克要主动和博士联系？在1916年的俄罗斯，妖僧拉斯普廷和沙皇尼古拉斯之间究竟发生了什么